Студијски програм екологија и заштита животне средине је организован према моделу 4+1. На Студијском програму постоје два смјера: Општи смјер, након којег студент стиче академско звање Дипломирани еколог и Наставни смјер, након којег се стиче академско звање Дипломирани професор екологије.
Студије на првом циклусу изводе се у осам семестара, односно четири године, а студент по завршетку основних студија остварује 240 ЕЦТС бодова. Настава се изводи у облику предавања, експерименталних и лабораторијских вјежби, као и у оквиру теренских истраживања.
За упис на ИИ циклус студија могу конкурисати студенти са завршеним основним академским студијама екологије и заштите животне средине и биологије са остварених 240 ЕЦТС. Студенти са других факултета и сродних студијских програма могу конкурисати за упис на мастер студије уколико им се наставни план у 70% слаже са основним студијама екологије и заштите животне средине или биологије. Мастер студије трају два семестра и завршавају се са остварених 60 ЕЦТС бодова.
Студијски програм има три акредитована усмјерења на другом циклусу студија: Екологија биљака, Екологија животиња и Заштита животне средине. Након завршетка другог циклуса студија студенти стичу академска звања: Мастер екологије и заштите животне сртедине – екологија биљака, 300 ЕЦТС; Мастер екологије и заштите животне средине- екологија животиња, 300 ЕЦТС; Мастер аналитичар заштите животне средине, 300 ЕЦТС.