Studijski program ekologija i zaštita životne sredine je organizovan prema modelu 4+1. Na Studijskom programu postoje dva smjera: Opšti smjer, nakon kojeg student stiče akademsko zvanje Diplomirani ekolog i Nastavni smjer, nakon kojeg se stiče akademsko zvanje Diplomirani profesor ekologije.
Studije na prvom ciklusu izvode se u osam semestara, odnosno četiri godine, a student po završetku osnovnih studija ostvaruje 240 ECTS bodova. Nastava se izvodi u obliku predavanja, eksperimentalnih i laboratorijskih vježbi, kao i u okviru terenskih istraživanja.
Za upis na II ciklus studija mogu konkurisati studenti sa završenim osnovnim akademskim studijama ekologije i zaštite životne sredine i biologije sa ostvarenih 240 ECTS. Studenti sa drugih fakulteta i srodnih studijskih programa mogu konkurisati za upis na master studije ukoliko im se nastavni plan u 70% slaže sa osnovnim studijama ekologije i zaštite životne sredine ili biologije. Master studije traju dva semestra i završavaju se sa ostvarenih 60 ECTS bodova.
Studijski program ima tri akreditovana usmjerenja na drugom ciklusu studija: Ekologija biljaka, Ekologija životinja i Zaštita životne sredine. Nakon završetka drugog ciklusa studija studenti stiču akademska zvanja: Master ekologije i zaštite životne srtedine – ekologija biljaka, 300 ECTS; Master ekologije i zaštite životne sredine- ekologija životinja, 300 ECTS; Master analitičar zaštite životne sredine, 300 ECTS.